第３２条の４の２（労働時間・１年単位の変形労働時間制の途中採用・退職時の賃金清算）
１ 使用者が、対象期間中の前条の規定により労働させた期間が当該対象期間より短い労働者について、当該労働させた期間を平均し一週間当たり四十時間を超えて労働させた場合においては、その超えた時間（第三十三条又は第三十六条第一項の規定により延長し、又は休日に労働させた時間を除く。）の労働については、第三十七条の規定の例により割増賃金を支払わなければならない。
１年単位の変形労働時間制は、業務の繁忙に合わせて労働時間を弾力的に配分できる制度ですが、その運用には厳格な労働者保護の仕組みが備わっています。労基法３２条の４の２は、対象期間の全期間勤務しなかった労働者に対し、労働時間の「平均」が週４０時間を超えた場合の割増賃金支払義務を定めたものです。
１． 条文の趣旨：労働時間の公平な清算
１年単位の変形労働時間制は、特定の週に４０時間を超えて労働させる代わりに、他の週の労働時間を短縮することで、期間全体を平均して週４０時間以内に収めることを前提としています。
しかし、期間の途中で採用された者や退職した者は、この「労働時間の相殺（調整）」を最後まで享受できない場合があります。そのため、実際に勤務した期間を平均して週４０時間を超えて労働していた場合には、その超過分を時間外労働とみなし、割増賃金を支払う必要があると規定しています。
２．清算が必要なケース
本条文が適用されるのは、主に以下のような「対象期間より短い期間」しか勤務しなかった労働者です。
・中途採用者：対象期間の開始後に入社した者
・退職者：対象期間の途中で自己都合退職、または解雇された者
・異動者：配置転換等により、対象期間の途中で当該制度の対象から外れた者
３．業計算の仕組みと割増賃金
清算の計算式は、実務上以下のプロセスを辿ります。
①実労働時間の集計：当該労働者が実際に勤務した期間の総労働時間を算出
②法定労働時間の総枠の算出：（４０時間 × 当該期間の歴日数） ÷ ７日
③超過時間の特定：上記①が②を超えている場合、その差を清算対象時間とする（割増賃金対象期間）
まとめ
労働基準法第32条の4の2は、変形労働時間制の「弾力性」というメリットを享受しつつも、労働者が実際に働いた時間に対して適正な対価を得られるよう担保する、セーフティネットの役割を果たしています。労務管理においては、対象期間途中の労働者変動に対し、常にこの清算実務を念頭に置く必要があります。