第３２条の３の２（労働時間・フレックスタイム制の特例）
１ 使用者が、清算期間が一箇月を超えるものであるときの当該清算期間中の前条第一項の規定により労働させた期間が当該清算期間より短い労働者について、当該労働させた期間を平均し一週間当たり四十時間を超えて労働させた場合においては、その超えた時間（第三十三条又は第三十六条第一項の規定により延長し、又は休日に労働させた時間を除く。）の労働については、第三十七条の規定の例により割増賃金を支払わなければならない。
労基法３２条の３の２は、フレックスタイム制適用対象者が、清算期間の中途で入退社した場合の割増賃金計算の特例を定めたルールです。
１． 労働基準法第３２条の３の２の趣旨と適用場面
清算期間が１か月を超えるフレックスタイム制においては、原則として「清算期間全体」における法定労働時間の総枠を超えたか否かで時間外労働（残業）を判定します。
しかし、清算期間の途中で労働契約が終了した場合や、新たに制度の対象となった場合、その労働者は清算期間全体を通じて労働していません。このような「実労働期間が清算期間より短い労働者」に対して、実際の労働期間を平均し、法定労働時間（週４０時間）を超過して労働させていた場合には、その超過分について割増賃金の支払い義務が生じます。
【本規定が適用される主なケース】
①清算期間の途中における退社（自己都合、会社都合等を問わない）
②清算期間の途中における入社
③部署異動等による、フレックスタイム制の適用開始・適用除外
④産前産後休業や育児休業の開始・復帰による適用期間の中断産前産後休業や育児休業の開始・復帰による適用期間の中断
２．割増賃金算定の具体的手順
対象となる労働者については、以下の手順で「実際の労働期間」における法定労働時間の総枠を算出し、実労働時間との差分を確認します。
①実労働期間における法定労働時間の総枠の算出
実際の労働期間（暦日数）をベースに、以下の計算式によって法定労働時間の総枠を算出します。
実労働期間における総枠 ＝ ４０ × （実労働期間暦日数 ÷ ７）
② 時間外労働（超過時間）の判定
算出した総枠と、該当期間の実労働時間を比較します。実労働時間が総枠を上回っている場合、その超過した時間が労働基準 法第３７条に基づく割増賃金の支払い対象となります。
【算定例】
・清算期間：３箇月（４月１日〜６月３０日）
・該当社員：５月３１に退職
・実労働期間：２か月間（４月１日〜５月３１日、暦日数６１日）
・実労働時間：３６０時間
このケースにおける総枠は以下の通りです。
４０ × （６１ ÷ ７） ≒ ３４８．５７時間
実労働時間（３６０時間）が総枠（約３４８．５時間）を超過しているため、その差分である約１１．５時間分について、退職月の給与等にて時間外労働としての割増賃金を支払う必要がある、ということになります。