【答】勧奨どおり特定期間該当届は行ってください、これが漏れると保険料未納期間と扱われることになり、不利益となる可能性があります。

「第３号不整合期間」とは、既に国民年金第３号被保険者に該当しないにも関わらず、種別変更手続き漏れのため、誤って第３号被保険者として記録されている被保険者期間のことを言います。
例えば、第２号被保険者が退職等して資格喪失したのに、セットで手続きすべき第３号被保険者の資格喪失（および第１号被保険者への種別変更）が失念されたケースや、第３号被保険者が自分の収入増加で、第３号被保険者資格を満たさなくなっていたのに、資格喪失（および第１号被保険者への種別変更）が失念されたケースなどで発生する可能性があります。

第３号不整合期間は、誤った第３号被保険者資格が補正され、第１号被保険者となりますが、この時、第１号被保険者としての国年保険料の追納は法律上過去２年分までしか納付できません。第３号不整合期間のうち、時効で追納できない期間が「特定期間」とされます。

ご質問の、特定期間該当届を提出すると、特定期間は保険料納付済期間として扱われ、保険料未納期間として扱われない特例があります。
障害年金を申請する際、保険料納付済期間が規定数に足りなければ申請することが出来ません。このような不利益を受けないためにも、勧奨があった時は特定期間該当届を忘れずに提出してください。