第３２条の３（労働時間・フレックスタイム制）
１ 使用者は、就業規則その他これに準ずるものにより、その労働者に係る始業及び終業の時刻をその労働者の決定に委ねることとした労働者については、当該事業場の労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、次に掲げる事項を定めたときは、その協定で第二号の清算期間として定められた期間を平均し一週間当たりの労働時間が第三十二条第一項の労働時間を超えない範囲内において、同条の規定にかかわらず、一週間において同項の労働時間又は一日において同条第二項の労働時間を超えて、労働させることができる。
① この項の規定による労働時間により労働させることができることとされる労働者の範囲
② 清算期間（その期間を平均し一週間当たりの労働時間が第三十二条第一項の労働時間を超えない範囲内において労働させる期間をいい、三箇月以内の期間に限るものとする。以下この条及び次条において同じ。）
③ 清算期間における総労働時間
④ その他厚生労働省令で定める事項
２ 清算期間が一箇月を超えるものである場合における前項の規定の適用については、同項各号列記以外の部分中「労働時間を超えない」とあるのは「労働時間を超えず、かつ、当該清算期間をその開始の日以後一箇月ごとに区分した各期間（最後に一箇月未満の期間を生じたときは、当該期間。以下この項において同じ。）ごとに当該各期間を平均し一週間当たりの労働時間が五十時間を超えない」と、「同項」とあるのは「同条第一項」とする。
３ 一週間の所定労働日数が五日の労働者について第一項の規定により労働させる場合における同項の規定の適用については、同項各号列記以外の部分（前項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）中「第三十二条第一項の労働時間」とあるのは「第三十二条第一項の労働時間（当該事業場の労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、労働時間の限度について、当該清算期間における所定労働日数を同条第二項の労働時間に乗じて得た時間とする旨を定めたときは、当該清算期間における日数を七で除して得た数をもつてその時間を除して得た時間）」と、「同項」とあるのは「同条第一項」とする。
４ 前条第二項の規定は、第一項各号に掲げる事項を定めた協定について準用する。ただし、清算期間が一箇月以内のものであるときは、この限りでない。
労働基準法では、労働時間の原則として「法定労働時間」として「１日８時間、１週４０時間」と定めています。一般的には始業時刻、終業時刻も定めて、労働者を就労させる時間と時刻を定める方法が基本です。しかし、場合によっては業務の効率性を上げたり、昨今の流れである労働者にとって柔軟性のある働き方を実現するための制度として。「フレックスタイム制」が定められました。
フレックスタイム制は、一言で言えば、「始業と終業の時刻を、労働者の決定に委ねる制度」です。通常、会社は始業時刻と終業時刻を指定することが一般的ですが、フレックスタイム制では、その枠組みを外すことができます。
１．フレックスタイム制の定義と導入要件（第１項）
フレックスタイム制とは、始業および終業の時刻を労働者の決定に委ねる制度です。本条第１項により、以下の要件を満たすことで、清算期間内を平均して週４０時間（法定労働時間）を超えない範囲において、特定の日の労働時間が８時間を超えることが許容されます。
導入のための二大要件
①就業規則等への規定
始業および終業の時刻を労働者の決定に委ねる旨を明記する必要があります。
②労使協定の締結
過半数労働組合（ない場合は過半数代表者）との間で、以下の事項を定めた書面による協定を締結しなければなりません。
・対象労働者の範囲
・清算期間（最長３カ月）
・清算期間における総労働時間（法定労働時間の総枠内であること）
・その他厚生労働省令で定める事項（標準となる1日の労働時間等）
２． 清算期間が１カ月を超える場合の加重要件（第２項）
2019年の法改正により、清算期間の上限が１カ月から３カ月に延長されました。ただし、長時間労働の抑制を目的として、１カ月を超える清算期間を定める場合には、第２項に基づき以下の二段階の枠を遵守する必要があります。
・清算期間全体の枠
期間を通じ、１週間平均４０時間以内であること
・各月ごとの枠
清算期間を１カ月ごとに区分した各期間において、１週間平均の労働時間が５０時間を超えないこと
この「月50時間」の枠を超えた時間は、清算期間の終了を待たず、その月の時間外労働として割増賃金の支払いが必要となる点に注意が必要です。
３．完全週休2日制における労働時間の特例（第３項）
月によって土日祝日の日数にばらつきがある場合、１カ月の法定労働時間の総枠が過不足を招くケースがあります。第３項では、完全週休２日制（１週の所定労働日数が５日）の労働者を対象に、労使協定で定めることで以下の計算式による時間を「法定労働時間の総枠」と見なす特例を認めています。
清算期間における所定労働日数 × ８時間
この特例を活用することで、暦日数の少ない月（２月など）に労働時間が不足し、欠勤扱いとなるような不都合を回避することが可能となります。
４．労使協定の届出義務（第４項）
第４項では、本条の労使協定について第３２条の２第２項（変形労働時間制の届出規定）を準用しています。
・清算期間１カ月以内 → 労基署への届出は不要
・清算期間１カ月超 → 労使協定を管轄の労働基準監督署長に届け出る義務あり
未届けのまま１カ月を超えるフレックスタイム制を運用した場合、罰則の対象となるだけでなく、変形労働時間制としての効力が否定されるリスクがあるため、厳格な対応が求められます。
厚生労働省 フレックスタイム制導入の手引き